Illustrator CS5 や CC2014 で保存した Illustrator 8 形式の書類を確認してみたところ、禁則処理の設定...で表示される、行頭禁則文字の一覧に本来あるはずの 」 が 《 に置き換わっているようです。強い禁則、弱い禁則ともに入れ替わっています。閉じカギ括弧の行頭禁則はかなり重要な頻出の処理なので、これが効かないとダメダメですね……。
ついては、そのテンプレートデータの禁則処理の設定を変更し、行頭禁則文字の一覧から《 を削除して 」 を追加してあげて下さい。ただし、その書類をIllustrator 8 形式で保存すると再びおかしくなりますので、とりあえずCS5形式で編集用の元データとして保存し、入稿段階で文字のアウトラインをとってから8形式で入稿用に保存しなおして下さい。
おそらく、禁則処理がおかしくなっているのはここだけではないかと思います。